Gunung yang menjadi wisata pendakian ini juga kerap menuai kisah misteri dari para pendakinya. Banyak pendaki yang mendengar suara gamelan atau bahkan hingga melihat penampakan mahluk halus saat mendaki Gunung Salak. Bahkan, tidak sedikit pendaki yang hilang di Gunung Salak.
Selain pendakian, tempat wisata lain di Gunung Salak juga dianggap mistis, contoh Kawah Ratu dan Curug Seribu yang juga banyak menelan korban. Tak sedikit wisatawan tewas karena keracunan belerang di Kawah Ratu atau tenggelam saat berenang di kolam Curug Seribu. Hal ini mengundang banyak cerita misteri di Gunung Salak.
Di wilayah sekitar Halimun Bogor dan sekitarnya ada benteng-benteng milik Prabu Siliwangi yang tak kelihatan, pusat kerajaan ada di Gunung Salak, sebenarnya ini sudah menjadi rahasia umum.
Catatan sejarah soal Kerajaan Siliwangi pasca kehancurannya setelah diserang Kesultanan Banten pada 1620-an. Konon, ratusan macan gembong atau harimau bertempat tinggal di sebuah bangunan dekat Kebun Raya Bogor sekarang.
Selain itu, ditemukan rawa berisi badak di sekitar Sawangan. Tempat ini dahulunya dinamakan Rawa Badak, dimana di bagian ujungnya ditemukan situs parit dan bekas tembok keraton yang dijadikan sarang macan. Kini, sarang macan ini dikenal pertigaan beringin di Sawangan. Selain catatan-catatan arkeologi, ada catatan mistis tentang segitiga Bogor.
Sisa-sisa dari Laskar Perang Bubat melarikan diri ke Gunung Salak, sementara sisa-sisa dari punggawa Siliwangi yang diserang Banten lari ke Gunung Halimun. Tempat dimana seringnya pesawat menghilang ini mirip Segitiga Bermuda dan Segitiga Formosa.
Gunung Halimun dan Gunung salak mirip Gunung Lawu yang disucikan Majapahit; tak boleh ada yang melintasi diatasnya, burungpun bisa mati bila melewati satu titik tanah yang sakral.
Gunung Lawu memiliki tiga puncak, yakni Puncak Hargo Dalem, Hargo Dumiling, dan Hargo Dumilah. Yang terakhir ini adalah puncak tertinggi.
Di lereng gunung ini terdapat sejumlah tempat yang populer sebagai tujuan wisata, terutama di daerah Tawangmangu, Cemorosewu, dan Sarangan. Agak ke bawah, di sisi barat terdapat dua komplek percandian dari masa akhir Majapahit, yakni Candi Sukuh dan Candi Cetho.
Di kaki gunung ini juga terletak komplek pemakaman kerabat Praja Mangkunagaran, yaitu Astana Girilayu dan Astana Mangadeg. Di dekat komplek ini terletak Astana Giribangun, pemakaman untuk keluarga presiden kedua Indonesia, Soeharto.
Gunung Lawu menyimpan sejumlah teka-teki yang hingga kini masih menjadi misteri, terutama pada tiga puncak utamanya yang menjadi tempat penuh mitos bagi masyarakat Jawa. Puncak Hargo Dalem diyakini sebagai tempat pemusnahan diri Raja Majapahit Prabu Brawijaya Pamungkas. Sementara, Harga Dumilah merupakan lokasi penuh misteri yang menjadi tempat olah batin dan bersemedi.
Gunung Lawu disebut-sebut sebagai pusat kegiatan spiritual di Tanah jawa, yang bertalian erat dengan budaya dan tradisi Keraton Yogyakarta. Tak heran, setiap orang yang hendak melakukan pendakian ke puncak Gunung Lawu harus memahami dan mematuhi segala larangan. Jika melanggar, maka orang tersebut diyakini akan celaka saat mendaki Gunung Lawu.
Selain itu, Gunung Merapi juga dipercaya sebagai tempat keraton makhluk halus. Panembahan Senopati pendiri kerajaan Mataram memperoleh kemenangan dalam perang melawan kerajaan Pajang dengan bantuan penguasa Merapi. Gunung Merapi meletus hingga menewaskan pasukan tentara Pajang, sisanya lari pontang-panting ketakutan. Penduduk yakin bahwa Gunung Merapi selain dihuni oleh manusia juga dihuni oleh makhlukmakhluk lainnya yang mereka sebut sebagai bangsa alus atau makhluk halus.
Tempat-tempat yang paling angker di Gunung Merapi adalah kawah Merapi sebagai istana dan pusat keraton makhluk halus Gunung Merapi. Di bawah puncak Gunung Merapi ada daerah batuan dan pasir yang bernama "Pasar Bubrah" yang oleh masyarakat dipercaya sebagai tempat yang sangat angker. "Pasar Bubrah" tersebut dipercaya masyarakat sebagai pasar besar Keraton Merapi dan pada batu besar yang berserakan di daerah itu dianggap sebagai warung dan meja kursi makhluk halus.